Phnom-Penh is de hoofdstad van Cambodja. De stad ligt in het zuidoosten van het land bij de samenvloeiing van de rivieren de Mekong en de Tonlé Saprivier. De rivier de Bassac splitst zich hier van de Mekong af.
De naam van de stad betekent de heuvel (Phnom) van Penh. Volgens de overlevering zou een vrouw genaamd Penh vier Boeddhabeelden hebben gevonden die door de Mekong aangespoeld waren. Ze wierp hierna een heuvel op waarop ze deze beelden in een gebedsplaats plaatste. Deze gebedsplaats bestaat nog steeds en is de Wat Phnom Daun Penh (beter bekend als de Wat Phnom of Heuveltempel).
Hoe Phnom-Penh ook ontstaan is, het werd voor het eerst de hoofdstad van Cambodja nadat koning Ponhea Yat van het Khmer-rijk vluchtte uit Angkor Thom, nadat het door het koninkrijk Ayutthaya in 1431 veroverd werd.
Tijdens de Vietnamoorlog werden er ook veel gevechten geleverd in Cambodja. De Verenigde Staten bombardeerden het platteland. Hierdoor trokken er veel vluchtelingen naar de stad.
In 1975 was de bevolking opgelopen tot meer dan 2.000.000. Op 17 april, het Cambodjaanse nieuwjaar, viel de stad en werd zij bezet door strijders van de Rode Khmer. De stad werd hierna met harde hand geheel ontruimd. De bewoners werden naar boerderijen op het platteland gestuurd om nieuwe mensen te worden. De Tuol Svay Prey hogeschool werd veranderd in de gevangenis Tuol Sleng (S-21). Deze gevangenis is nu het Tuol Sleng Museum en is net als Choeung Ek, 15 kilometer buiten de stad, een herinnering aan diegenen die vermoord zijn door de Rode Khmer.

De Rode Khmer werden door de Vietnamezen uit Phnom-Penh verdreven in het begin van 1979. De mensen begonnen hierna terug te keren naar hun huizen. Een periode van wederopbouw begon die eerst maar langzaam ging door de politieke instabiliteit in het land. Tegen 1998 had Phnom-Penh een bevolking van 862.000 inwoners.